常见问题及解答

Sep 19, 2018 00:00 · 411 words · 1 minute read cluster vasp pyyabc

Q1: VASP计算时出现强制退出, 内存爆炸的问题

A1: 可以通过修改`~/.barshrc`文件

用户`~/.bashrc`配置

为使得VASP进行计算时能够处理打文件读写，用户将自己的文件句柄加大到unlimited，增加ulimit -s unlimited，修改后的~/.bashrc为：

# .bashrc

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
        . /etc/bashrc
fi

# Uncomment the following line if you don't like systemctl's auto-paging feature:                                                                            
# export SYSTEMD_PAGER=

# User specific aliases and functions
ulimit -s unlimited

除了自己的脚本和独特的软件, 切勿修改~/.bashrc!!!

Q2: 用户申请某个节点

A2:

两次<ctrl+D>: 切记在运行完交互式任务后手动退出计算节点，退出计算节点后还要退出子命令行，否则节点持续被占用。

Step 1

首先使用salloc -p short_q -N 1 -n 4申请jpmid分区下1个节点4个核, -n 4可以省略不写, 默认占用全部的核数.

用squeue查看申请到的是哪个节点，记住节点名称比如cn97103，使用ssh cn97103进入该计算节点。

Step 2

加载vasp模块

module load vasp/5.4.4-impi-mkl

Step 3

运行vasp mpirun -n 4 vasp_std